欧州特許庁における一般的な特許出願の流れは、次のようになります。
ＳＴＥＰ①：出願
必要な書面を提出して、出願します（詳しくは、ヨーロッパ 特許出願に必要な書類をご覧下さい）。
通常は、ヨーロッパ各国のいずれかの代理人に出願を依頼します。
また、特許出願時に、特許権を取得したい国を指定する必要があります。
なお、出願の内容は、原則として１年６月後に公開されます。
ＳＴＥＰ②：調査報告の発行
欧州特許庁は、出願された発明について類似の発明があるかどうかの調査を行い、調査報告書を出願人に送付します。
調査報告書には、類似の発明の文献が記載される他、特許性に関する見解も記載されます。
調査報告書が作成される期限は決まっていませんが、早ければ出願から１年以内に作成されることもあります。遅いと２年近くかかることもあります。
また、調査報告書に記載される特許性に関する見解に対しては、下記ＳＴＥＰ６の「応答」と同様、反論や補正を行うことができます。
そのため、調査報告は、実質的には１回目の審査と言えます。
なお、出願に複数の発明が含まれている場合には、１つの発明のみについて調査が行われます。
その他の発明についても調査を希望する場合には、追加料金を支払わなければなりません。
ＳＴＥＰ③：審査請求
欧州特許庁では、日本と同様に審査請求制度を採用しています。
そのため、出願した発明について特許権を取得するには審査請求を行う必要があります。
審査請求を行う期限は、調査報告書の公開から６ヶ月以内です（出願と同時に行うことも可能です）。
したがって、出願人は、調査報告の内容を見てから、審査請求をすべきかどうかを決めることができます。
ＳＴＥＰ④：審査
審査では、出願された発明について特許性があるかないかが判断されます。
（詳しくは、ヨーロッパ 特許を受けるための条件をご覧下さい）
ＳＴＥＰ⑤：拒絶理由通知
ＳＴＥＰ④の審査において、出願された発明について特許性がないと判断された場合、拒絶理由通知が発行されます。
ＳＴＥＰ⑥：応答
ＳＴＥＰ⑤の拒絶理由通知が発行された場合、出願人は、特許性があることを説明する書面（意見書）、および、（必要に応じて）明細書・クレーム等を補正する書面（補正書）を提出します。
これらの書面の提出に応じて、庁は、発明の特許性を再度審査します。
ＳＴＥＰ⑦：拒絶
再度の審査によっても、特許性なしと判断された場合、出願が拒絶査定となる場合があります。
ただし、欧州特許庁における実務では、１回の応答の後すぐに拒絶査定とされることはほとんどなく、ＳＴＥＰ⑤（拒絶理由通知）とＳＴＥＰ⑥（応答）が何回か繰り返されても特許性が見出せない場合に、拒絶査定となります。
なお、拒絶査定に対して反論する場合には、審判を請求することができます。
ＳＴＥＰ⑧：許可通知
審査において特許性ありと判断された場合、許可通知が出願人に発送されます。
なお、許可通知が発送される前に、審査官によって明細書およびクレームに修正が加えられる場合があります。
この修正内容は出願人に通知され（特許付与の予告通知）、出願人が修正内容に承認した後で許可通知が発送されます。
ＳＴＥＰ⑨：特許料納付
ＳＴＥＰ⑧で許可通知が発送された場合、出願人は、許可通知が発送されてから３ヶ月以内に特許料を納付します。
ＳＴＥＰ⑩：権利化
ＳＴＥＰ⑨で特許料が納付されると、欧州特許庁は、欧州特許公報に欧州特許権を付与する旨の公告を行います。
これにより、指定された国において特許権が発生します。
ただし、国によっては、その国の公用語の翻訳文を提出する必要がある場合があります。
